A APA da Bacia do Guandu, criada a partir da Lei Nº 3760, de 07 de Janeiro de 2002, estabelece as ações prioritárias para a proteção ambiental do rio Guandu e de seus afluentes.
Com cerca de 74 mil hectares, compreende todos os terrenos situados numa faixa de largura de 500 metros de ambas as margens em toda a extensão do curso de água desde a Usina Pereira Passos até a sua desembocadura na baía de Sepetiba, incluindo os trechos denominados Ribeirão das Lajes (trecho de montante), Rio Guandu (trecho intermediário) e Canal de São Francisco (trecho de jusante), assim como as cabeceiras e a faixa de 100 metros de ambas as margens de seus afluentes rios Macacos, Cacaria, Santana, São Pedro, Poços, Queimados e Ipiranga. A bacia hidrográfica do Guandu abastece mais de oito milhões de pessoas no Grande Rio.
Em relação à fauna na sub-bacia do rio Guandu, as espécies mais abundantes são os cascudos,tucumarés , dourados, mesmo presentes, não são muito comuns. Existe ainda uma série de espécies oriundas do rio Paraíba do Sul, como os piaus e as corvinas.
A vegetação natural já se encontra em estágio avançado de devastação, sendo que alguns capões de floresta (pequenas porções de floresta ombrófilas mista isoladas dos campos naturais) podem ser encontrados nos pontos mais elevados ou protegendo algumas nascentes.